関係者によると、法令違反は学校側の調査で発覚。今年度と昨年度の履修状況について、複数の教科で学習指導要領が定めた授業時間数を下回っていることが分かり、９日に文科省に報告した。
学年ごとの指導が求められている道徳を全校集会で代替。音楽で全学年に義務付けられている国歌の指導も６年生以外の学年に実施せず、国語は３年生以降必修となる毛筆の習字が行われていなかった。外国語では、代名詞など高学年で指導内容の不足が確認された。
道徳と図工では教科書を使わず、教員作成のプリントなどによる授業が行われていた。学校教育法は国の検定を通過した教科書の使用を義務付けており、文科省は不適切な授業実態と合わせて法令違反と判断。卒業生を含めて補習などによる未履修分の授業を求めた。
同校では長期間にわたり他の公立校のように他校や教育委員会との人事交流がなかった。本来は校長が学校運営の意思決定を担うが、教員の影響力が強まり、ガバナンス（組織統治）機能不全常態だったとみられる。
小谷隆男校長は産経新聞の取材に対し「不適切な授業が長年にわたり行われていたことは事実。詳細は１７日に記者会見して説明する」と述べた。